การจัดกลุ่มและการจำแนกชนิดเฟิน โดยพิจารณาจากลักษณะสัณฐานวิทยา หรือโครงสร้างส่วนต่างๆ ของเฟินนั้นเอง นักพฤกษศาสตร์ได้ทำการตรวจพิสูจน์ถึงลักษณะส่วนต่างๆ ของเิฟินแต่ละชนิดเปรียบเทียบกัน เฟินที่มีลักษณะเหมือนกัน จะจัดรวมเป็นกลุ่มเดียวกัน และจัดแยกเป็นกลุ่มย่อยลงไป เมื่อมีลักษณะย่อยอื่นที่แตกต่างกัน เป็นกลุ่มระดับย่อยลงไป โดยจัดกลุ่มระดับ เริ่มจาก Division Class Subclass Order Family Genus และระดับท้ายสุดเป็น Spcies หรือบางครั้งอาจมีย่อยเป็น var. บ้าง ซึ่งเป็นศาสตร์ที่มีมานานกว่า 100 ปี แล้ว

ในปัจจุบันนักวิทยาศาสตร์ทางด้านพฤกษศาสตร์บางท่าน เริ่มนำวิทยาการสมัยใหม่ในการตรวจสอบ DNA ที่อยู่ในเซลล์เนื้อเยื่อของเฟินแต่ละชนิด แล้วนำมาเป็นข้อมูลในการจำแนกชนิดของเิฟิน ซึ่งให้ความแม่นยำได้มากกว่าจำแนกชนิดแบบเดิม แต่การตรวจสอบ DNA เป็นงานที่ค่อนข้างยุ่งยาก ใช้งบประมาณจำนวนมาก และยังต้องทำการศึกษาค้นคว้าและวิจัยอีกมาก ทำให้บทบาทของการจำแนกชนิดโดย DNA ในปัจจุบันยังไม่เป็นที่แพร่หลายเท่าที่ควร แต่อย่างไรก็ตาม ผลจากการตรวจสอบ DNA ของเฟิน เมื่อนำมาเปรียบเทียบกับการจำแนกชนิดโดยลักษณะสัณฐานวิทยาแบบดั้งเดิมแล้ว ผลที่ได้ออกมามีความใกล้เคียงกันมาก หรือมีแตกต่างกันไม่มาก มีเฟินน้อยชนิดที่อาจจะต้องย้ายกลุ่มไป แต่ส่วนใหญ่ยังคงเดิม จึงนับได้ว่า เป็นภูมิปัญญาของนักพฤกษศาสตร์ที่มีมาแต่สมัยโบราณและยังน่าเชื่อถือต่อไปได้

อย่างไรก็ดี การจำแนกชนิดเฟินโดยนักวิทยาศาสตร์ด้านพฤกษศาตร์เฟิน ยังคงมีการศึกษาค้นคว้าและำวิจัยกันอยู่โดยตลอดอย่างต่อเนื่อง ดังนั้น ข้อมูลการจำแนกชนิดเฟินจึงยังต้องมีการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงกันโดยตลอดเช่นกัน